tabula

tabula est un package R qui permet d’explorer les tableaux de comptage. Plusieurs tests et mesures de diversité sont disponibles (Brillouin, Shannon, Simpson, Chao1, Chao2, ACE, ICE, Brainerd-Robinson, etc.). Ce package permet également de visualiser des données de comptage : diagrammes rang-abondance, cartes de chaleur, diagrammes de Ford et de Bertin.

• Mesure de diversité : diversity(), heterogeneity(), evenness(), richness(), rarefaction(), turnover().
• Mesure de similarité et de co-occurrence : similarity(), occurrence().
• Méthodes de rééchantillonnage : bootstrap(), jackknife(), simulate().
• Diagramme de Bertin (1977) ou de Ford (1962) : plot_bertin(), plot_ford().
• Sériographe (Desachy 2004) : seriograph(), matrigraph().
• Cartes de chaleur : plot_heatmap(), plot_spot().

kairos est un package complémentaire à tabula qui fournit des fonctions pour la modélisation chronologique et la datation d’assemblages archéologiques à partir de données de comptage.

Pour citer tabula dans une publication :

Frerebeau, N. (2019). tabula : An R Package for Analysis, Seriation, and Visualization of Archaeological Count Data. Journal of Open Source Software, 4(44). DOI : 10.21105/joss.01821.

Ce package fait partie du projet tesselle.

Installation

Vous pouvez installer la dernière version depuis le CRAN avec :

install.packages("tabula")

Et la version de développement depuis Codeberg avec :

# install.packages("remotes")
remotes::install_git("https://codeberg.org/tesselle/tabula")

Utilisation

## Installer les packages supplémentaires
## (si nécessaire)
# install.packages("folio")

## Charger le package
library(tabula)

Veillez à bien organiser vos données. Chaque variable (type/taxon) doit correspondre à une colonne et chaque observation (échantillon/cas) doit correspondre à une ligne de votre tableau de données.

## Données issues de Lipo et al. 2015
data("mississippi", package = "folio")

## Diagramme de Ford
plot_ford(mississippi)

## Co-occurrence des types céramiques
mississippi |> 
  occurrence() |> 
  plot_spot()